集团公司远近洋航运业务涵盖大宗干散货运输、设备运输、集装箱租赁等各海运相关业务， 不仅为集团独资、控股或参股的企业提供了高效的海上运输服务，也积极开拓第三方业务，与世界各地的粮食、煤炭、铁矿石等贸易商以及船东建立了良好的合作关系，经营规模不断扩大。
　　远近洋航运业务由集团公司下属北部湾控股（香港）有限公司的全资子公司北港航运有限公司运营，公司依靠一支经验丰富的管理和操作团队，致力于为全球客户提供安全、优质、经济的运输相关服务。北港航运有限公司（以下简称：北港航运）于2015年9月在香港注册成立，主营国际干散货海运相关业务，既为北部湾港集团所属的实体企业提供国际远洋运输服务，也积极开拓市场，广泛开展第三方业务。2021年，北港航运完成货运量3720万吨。以“北部湾”开头命名的船舶包括北部湾港集团的所有港口、广西地级市名称等，短短几年间打造出一支北部湾精品船队，大力推动了北部湾港集团及自治区在国际经贸领域的知名度和影响力。